Al ser propuesto para el rectorado de la Universidad de Trujillo por la asamblea del 15 de mayo de 1946, compitiendo con 6 profesores. Antenor Orrego poseía mayor méritos para lograrlo. No sólo el haber culminado los estudios, sino el de haber sido uno de los más destacados alumnos de su promoción, como una prueba activa e inteligente participación en el Centro Universitario. La ceremonia de instalación de este centro fue pomposa acorde con los prestigios de la ciudad.

Durante su rectorado impulso nuevas normas docentes, el Estatuto y la Ciudad Universitaria. Además inició un gran periodo que transformaciones, lo que muestra a través esta frase: “hacer de la antigua Universidad estática un proceso dinámico de evolución, que sepa incorporar, paso a paso, en superación constante, la vida total de la nación.”

Cuando Orrego llega al rectorado, la población estudiantil había crecido notablemente. Por tal razón gestionó conjuntamente con la ayuda del filántropo Vicente Gonzáles de Orbegoso la donación del campus apropiado para la edificación de la que hoy todos conocemos como Universidad Nacional de Trujillo, donde tales reformas se hicieran posibles. Él ante todo buscó la modernización, el acorde con la época, por tal la universidad se dispone a ser en cinco años la mejor en todo el Perú y una de la mejores de América, porque los trujillanos son capaces de lo que se proponen.

Se dieron la creación de Seminarios de Ciencias y de Letras, lo mismo que un Laboratorio de Medicina Legal. La creación de Institutos de Psicopedagogía, Antropología y Literatura. Uno de sus mayores aportes fue el de mejorar el monto de rentas. Implementó los laboratorios con nuevos aparatos y reactivos, el museo de Arqueología, Zoología, se adquirieron libros y folletos para la biblioteca y la formación de un herbario regional. Contrató a especialistas e investigadores. Creó facultades nuevas como la de Educación, con sus colegios de instrucción: secundaria, diurna y nocturna, los cuales eran totalmente gratuitos. Sentó las bases para la facultad de Medicina, con el fin de ser una de las mejores en toda Latinoamérica.

Los inicios de la crítica literaria en Orrego se realizaron a través del periodismo. Alguien dijo alguna vez que el periodista es un profesor de masas. De esta manera, el análisis, la crítica y la orientación, estuvieron presentes desde sus primeras incursiones como colaborador de periódicos y revistas, hasta la última etapa de su tarea de difusor Antenor Orrego efectivamente puso en práctica ese concepto, desde las páginas de los periódicos y sus primeros aportes como director fue en el diario “El Norte” y “La Tribuna”; también en la elaboración de artículos como en el “Prólogo a Trilce”, y en “Las Tertulias”. Siendo el periodismo una de las actividades fundamentales de Orrego, es también parte integrante de su trayectoria vital, donde destaca el orientador y sistematizador, antes que el captador de hechos cotidianos y novedosos, tareas propias de un cronista o reportero.

Además se desarrollo como todo un educador, no tan sólo como un simple maestro, sino algo más que marcaría su vida por completo. Él ejerció un trabajo totalmente diferente, con el concepto que el magisterio era una vida permanente, un modo de vida y por eso el ejercicio del magisterio sin aulas, en la calle en la formación humana y de allí radica la importancia de su enseñanza.

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Rivero - Ayllón, Teodoro. Antenor Orrego: Meditaciones sobre la Universidad. Editorial Trilce. Primera Edición, 2003